Hiện nay, cơ cấu tổ chức của Kiểm toán Nhà nước bao gồm 32 Vụ và đơn vị tương đương cấp Vụ, đứng đầu các Vụ là Vụ trưởng, đứng đầu các Chuyên ngành và các Khu Vực của Kiểm Toán Nhà Nước là Kiểm Toán Trưởng (cấp Vụ Trưởng)

Các đơn vị tham mưu thuộc bộ máy điều hành

1. Văn phòng Kiểm toán Nhà nước;
2. Vụ Tổ chức cán bộ;
3. Vụ Tổng hợp;
4. Vụ Chế độ và Kiểm soát chất lượng kiểm toán;
5. Vụ Pháp chế;
6. Vụ hợp tác quốc tế.
7. Thanh tra Kiểm toán Nhà nước (tương đương cấp Vụ)[3]
8. Văn phòng Đảng và Đoàn thể.

Các đơn vị Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành

1. Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành Ia, phụ trách (lĩnh vực quốc phòng).;
2. Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành Ib, phụ trách các (lĩnh vực gồm :An Ninh, tài chính đảng).;
3. Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành II, phụ trách các (lĩnh vực gồm: ngân sách trung ương các của bộ, ngành kinh tế tổng hợp).;
4. Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành III, phụ trách các (lĩnh vực gồm: ngân sách trung ương của bộ, ngành, cơ quan thuộc Chính phủ…).;
5. Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành IV, phụ trách các (lĩnh vực gồm:đầu tư, dự án hạ tầng cơ sở.);
6. Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành V , phụ trách các lĩnh vực gồm: (lĩnh vực đầu tư, dự án công nghiệp, dân dụng.);
7. Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành VI, phụ trách (các Tập đoàn, Tổng công ty nhà nước).;
8. Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành VII,phụ trách lĩnh vực (ngân hàng và, các tổ chức tài chính).

Các đơn vị Kiểm toán Nhà nước khu vực

1. Kiểm toán Nhà nước khu vực I (trụ sở đặt tại Thành phố Hà Nội) phụ trách 5 địa phương gồm: Hà Nội, Vĩnh Phúc, Bắc Ninh, Hà Nam, Hoà Bình.;
2. Kiểm toán Nhà nước khu vực II (trụ sở đặt tại Thành phố Vinh, tỉnh Nghệ An) phụ trách 5 địa phương gồm: Nghệ An, Hà Tĩnh, Quảng Bình, Quảng Trị, Thừa Thiên Huế.;
3. Kiểm toán Nhà nước khu vực III (trụ sở đặt tại Thành phố Đà Nẵng) phụ trách 4 địa phương gồm: Đà Nẵng, Quảng Nam, Quảng Ngãi, Bình Định.;
4. Kiểm toán Nhà nước khu vực IV (trụ sở đặt tại Thành phố Hồ Chí Minh) phụ trách 4 địa phương gồm: TP.Hồ Chí Minh, Long An, Bình Dương, Tây Ninh.;
5. Kiểm toán Nhà nước khu vực V (trụ sở đặt tại Thành phố Cần Thơ) phụ trách 6 địa phương gồm: Cần Thơ, Hậu Giang, Sóc Trăng, Kiên Giang, Bạc Liêu, Cà Mau.
6. Kiểm toán Nhà nước khu vực VI (trụ sở đặt tại Thành phố Hạ Long, tỉnh Quảng Ninh) phụ trách 5 địa phương gồm: Hải Phòng,Hải Dương, Quảng Ninh, Bắc Giang, Hưng Yên.;
7. Kiểm toán Nhà nước khu vực VII (trụ sở đặt tại Thành phố Yên Bái, tỉnh Yên Bái) phụ trách 6 địa phương gồm: Yên Bái, Phú Thọ, Sơn La, Lào Cai, Điện Biên, Lai Châu.;
8. Kiểm toán Nhà nước khu vực VIII (trụ sở đặt tại Thành phố Nha Trang, tỉnh Khánh Hòa) phụ trách 4 địa phương gồm: Khánh Hòa, Phú Yên, Ninh Thuận, Lâm Đồng.;
9. Kiểm toán Nhà nước khu vực IX (trụ sở đặt tại Thành phố Mỹ Tho, tỉnh Tiền Giang) phụ trách 6 địa phương gồm : Tiền Giang, Bến Tre, Trà Vinh, Vĩnh Long, Đồng Tháp, An Giang.;
10. Kiểm toán Nhà nước khu vực X (trụ sở đặt tại Thành phố Thái Nguyên, tỉnh Thái Nguyên) phụ trách 6 địa phương gồm: Thái Nguyên, Lạng Sơn, Bắc Cạn, Tuyên Quang, Hà Giang, Cao Bằng.;
11. Kiểm toán Nhà nước khu vực XI (trụ sở đặt tại Thành phố Thanh Hóa, tỉnh Thanh Hóa) phụ trách 4 địa phương gồm: Thanh Hóa, Ninh Bình, Nam Định, Thái Bình.;
12. Kiểm toán Nhà nước khu vực XII (trụ sở đặt tại Thành phố Buôn Ma Thuột, tỉnh Đắc Lắc) phụ trách 4 địa phương gồm: Đắk Lắk, Gia Lai, Kon Tum, Đăk Nông.;
13. Kiểm toán Nhà nước khu vực XIII (trụ sở đặt tại Thành phố Vũng Tàu, tỉnh Bà Rịa Vũng Tàu) phụ trách 4 địa phương gồm: Bà Rịa Vũng Tàu, Bình Phước, Bình Thuận, Đồng Nai.

Các đơn vị sự nghiệp

1. Trường Đào tạo và Bồi dưỡng nghiệp vụ kiểm toán;
2. Trung tâm Tin học;
3. Báo Kiểm toán